La distanza di Atrani da Amalfi è di circa 700m e per questo le sorti delle due cittadine si sono spesso confuse e ancora oggi si fa fatica a vederle come realtà distinte. Durante il periodo della Repubblica Amalfitana il comune di Atranum fece parte della confederazione con il lusinghiero ruolo di città gemella e , massimo onore, assisteva all'elezione dei dogi la cui pomposa cerimonia di proclamazione e vestizione si teneva nella Chiesa di San Salvatore in Birecto. Terminata l'era della repubblica Amalfitana fu inglobata nei territori normanni dell'Italia meridionale. I pisani la saccheggiarono nel XII secolo causandone la parziale distruzione.

Nel 1222 San Francesco d’Assisi attraversò la Costiera Amalfitana e sostò ad Atrani dove il suo grande carisma infervorò a tal punto gli atranesi che molti si fecero suoi seguaci.

Sempre poco propensa ad accettare la dominazione normanna prima e sveva poi Atrani fu occupata da una guarnigione di mercenari per ordine di Manfredi nella seconda metà del duecento.

Il seicento è il secolo della morte nera, la peste nel 1643 mette a dura prova Atrani e la chiesa di San Michele venne usata per seppellire gli appestati. Ancora oggi la zona è chiamata Lazzaretto.